La secuenciación de genomas completos (WGS, por su siglas en inglés) es una técnica relativamente económica y accesible que se utiliza ampliamente en numerosos ámbitos, como la salud pública, la gestión ambiental, la seguridad alimentaria o la producción de alimentos. La información que se obtiene mediante técnicas de WGS se aplica en el control rutinario, seguimiento y rastreo de microorganismos patógenos contaminantes de alimentos y en la monitorización de la resistencia a antibióticos en microorganismos aislados de diferentes fuentes tales como alimentos, piensos, agua, suelo o lodos de depuración de aguas residuales. En todos los casos, el análisis se basa en la existencia de extensas bases de datos, en continuo desarrollo, que contienen WGS de microorganismos patógenos de transmisión alimentaria o secuencias de genes de resistencia a antibióticos de patógenos de humanos o animales.
La información proveniente de WGS es también de utilidad en la evalución de microorganismos para su aprobación como sustancias activas de productos fitosanitarios, de acuerdo al Reglamento (CE) nº 1107/2009. En la actualidad, se debate el alcance de la aplicación de datos de WGS en el proceso de evaluación, y en particular, sobre si la presentación de la WGS debe ser un requisito obligatorio para la aprobación de microorganismos como sustancias activas.
Con este trabajo nos proponemos ofrecer una visión general sobre la aplicación de la información contenida en las WGS de microorganismos para su evaluación como sustacias activas.
De acuerdo a los requisitos de datos establecidos en el Reglamento (UE) nº 283/2013, para la aprobación de un microorganismo como sustancia activa se necesita definir su identidad taxonómica. La asignación de una cepa a una especie requiere su identificación molecular, la cual se basa generalmente en la utilización de genes marcadores típicos de un grupo taxonómico determinado, para los que se ha confirmado una resolución filogenética adecuada. En el caso de las bacterias son los genes 16S rARN, aroE y gyrB y para hongos los genes más utilizados son ITS (espaciador interno transcrito) 1 y 2 y tef1. En el caso de los baculovirus, la asignación de los diferentes aislados a la especie correspondiente comprende la utilización de las secuencias parciales polh/gran, lef-8 y lef-9 o la de sus genes principales (core genes) (Wennmann y col., 2018). En todos los casos, estas secuencias genómicas parciales, correctamente anotadas y caracterizadas, son suficientes para generar árboles filogenéticos (Figura 2) que permiten la asignación de la cepa de bioprotección a una especie determinada, y también para establecer la relación entre la cepa y microorganismos patógenos de humanos y animales.
