La secuenciación masiva representa una herramienta que ha permitido el abordaje de estudios dirigidos no solo a generar conocimiento sobre los patógenos de plantas y su entorno, sino que sirve para resolver problemas prácticos en fitopatología. En este trabajo se presentan algunos ejemplos donde esta tecnología podría haber servido, ha servido o servirá para un mejor control de enfermedades provocadas por bacterias fitopatógenas.
El conocimiento profundo de los patógenos vegetales, así como la disponibilidad de métodos para la detección y el diagnóstico de las enfermedades que producen, son piezas fundamentales en el éxito de las estrategias de control basadas en la exclusión de los mismos. Asimismo, para controlar las enfermedades es esencial entender los mecanismos que median las infecciones, teniendo en cuenta a los organismos causantes de las mismas, pero también considerando a la planta y su ambiente. Dentro del entorno que rodea al patógeno y su relación con el huésped, últimamente se ha visto la importancia que juega la microbiota, o conjunto de microorganismos, en la salud de la planta.
Las técnicas de secuenciación masiva han abierto infinidad de posibilidades para la investigación y, dentro de la patología vegetal, han permitido obtener, entre otros, los genomas completos de un gran número de microorganismos, así como caracterizar las poblaciones que conforman la microbiota de las plantas.
