La limitación de su uso a la siembra en seco, impuesto por el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico, ha dejado a muchos arroceros sin la posibilidad de controlar la fusariosis con el fludioxonil, único fungicida autorizado para el tratamiento de semillas de arroz.
La fusariosis, causada por el hongo Gibberella fujikuroi, es una de las enfermedades conocidas más antiguas del arroz, que puede llegar a causar unas pérdidas de hasta el 50% de la producción. La fuente principal de inóculo y de transmisión en los campos de arroz es la semilla, y su tratamiento, la estrategia de control más efectiva, ya que cuando se pueden observar los daños en la planta, no existen sistemas de control eficaces.
En 2019, se retiró del mercado el único fungicida autorizado para el tratamiento de semillas de arroz, por lo que el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación concedió autorizaciones excepcionales para la comercialización y el uso de los productos fitosanitarios formulados a base de fludioxonil 2,5% en las principales regiones productoras. La última vez, del 15 de enero al 14 de mayo de 2022. Hasta que, gracias al principio de reconocimiento mutuo, que permite a un Estado miembro aceptar las autorizaciones concedidas por otro si las condiciones agrícolas, fitosanitarias y medioambientales son comparables, se ha registrado en España un producto que ya estaba disponible en Italia.
Sin embargo, para proteger los organismos acuáticos, la etiqueta del fungicida en España indica que la siembra debe hacerse en seco, y no se puede sembrar con semilla tratada una banda de 5 metros hasta las masas de agua superficial. Esta limitación, impuesta por el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico, impide el uso del fludioxonil en los cultivos en los que la siembra directa de arroz se realiza en terrenos inundados de agua, práctica habitual en gran parte de la superficie arrocera nacional. Como en la Comunidad Valenciana, donde su Conselleria de Agricultura, Ganadería y Pesca ha solicitado al ministerio que se pueda utilizar este producto también en terrenos inundados, como era posible hasta 2022 y como sigue estando permitido en Italia.