Mediante técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos de última generación se ha identificado un virus como agente patógeno causante de una nueva enfermedad en el cultivo de chufa (Cyperus esculentus) en la Comunidad Valenciana. Esta enfermedad, que apareció hace unos años, se caracteriza por la reducción del crecimiento de la planta, amarilleo y mosaico en hojas y atrofia radicular, disminuyendo drásticamente la producción de tubérculos. El virus causante de esta enfermedad es un nuevo virus de RNA perteneciente al género Sobemovirus y ha sido bautizado con el nombre de virus del amarilleo de la chufa (xufa yellow dwarf virus, XYDV). Se ha conseguido secuenciar una gran parte de su genoma, lo que ha permitido desarrollar métodos de diagnóstico específicos y sensibles mediante técnicas de amplificación de ácidos nucleicos como la PCR convencional, PCR en tiempo real (qPCR) y la amplificación isoterma mediante bucles (LAMP), que tiene un gran potencial para la detección de patógenos directa en campo.
A virus causing a new disease in tigernut crops (Cyperus esculentus) fromthe Valencian Community (Nord eastSpain) was detected by small-RNAhigh-throughput sequencing (HTS).The new tiger nut disease was reportedseveral years ago, and it is characterizedby plant dwarfism, foliar chlorosisand mosaic and root stuntingwith a drastic reduction of tuber. Theetiological agent of this new diseasewas identified as a new RNA virusbelonging to the Sobemovirus genuswhich was named as xufa yellowdwarf virus (XYDV). The viral nucleotidesequence was used to developfast and accurate methods for XYDVdetection based on reverse transcription(RT) and DNA amplification suchas conventional PCR, Real-Time PCR(qPCR) and loop -mediated isothermalamplification (LAMP) that has a highpotential for “on site” virus detection.
