Los microorganismos del suelo desempeñan servicios fundamentales para los cultivos. Muchos de ellos, aunque no conocidos, establecen una estrecha relación con las plantas. Análisis del microbioma del banano en las Islas Canarias han revelado varias especies útiles como endófitos y antagonistas. Algunas de ellas se están probando para controlar hongos fitopatógenos como Fusarium oxysporum f. sp. cubense, el picudo negro Cosmopolites sordidus y nematodos fitoparásitos. Algunos microorganismos, junto con el uso de compuestos volátiles y de quitosano, están actualmente en estudio para ofrecer estrategias alternativas al control químico. El microbioma de suelo es una fuente muy importante de especies útiles, que deben de ser protegidas para sostener los niveles actuales de producción.
El suelo es un ecosistema complejo y sus microorganismos (microbioma) contribuyen a los cultivos desempeñando servicios como el reciclaje de nutrientes, la detoxificación y la regulación de pestes. En el microbioma se encuentran patógenos, endófitos, promotores de crecimiento o movilizadores de nitrógeno y fósforo, especies fitopatogénicas y sus antagonistas. La protección del microbioma aspira a conservar la biodiversidad natural y a promover posibles aplicaciones fitopatológicas y biotecnológicas (Schloss y Handelsman, 2003; Van Elsas y col., 2008).
Los análisis del suelo indican que muchos microrganismos son nuevos para la ciencia. Se estima que conocemos menos del 10% de todas las especies presentes (Torsvik y col., 2002; Berg y col., 2016). Las raíces establecen una estrecha relación con muchas de ellas. Su conocimiento es entonces de vital importancia.
