Los nematodos fitoparásitos son patógenos causantes de enfermedad. Las especies de Meloidogyne son los nematodos que principalmente afectan la funcionalidad de las raíces de tomate al interferir con la absorción de agua y el transporte de nutrientes. Los nematodos son los enemigos ocultos, puesto que no se ven pero sí sus efectos nocivos sobre la planta a densidades altas de población. Son difíciles de controlar, ya que a pesar de reducir sus densidades aplicando medidas de control, éstos persisten para causar daño económico en un plazo de tiempo variable según la gestión que se realice de la explotación. Además de las especies de Meloidogyne presentes en España, otras especies exóticas, capaces de adaptarse pueden ser introducidas generando nuevos problemas, por lo que constituyen un riesgo emergente.
Los problemas nematológicos en el cultivo de tomate se deben a Meloidogyne incognita y M. javanica seguidas de M. arenaria. En zonas de tomate en monocultivo predomina M. javanica, mientras que M. incognita domina en las de pimiento (Flor-Peregrin y col., 2012). Algunas especies exóticas del nematodo representan un riesgo emergente ya que pueden sobrevivir y desarrollarse en nuestras condiciones agroclimáticas y disponen de una amplia gama de huéspedes. Este es el caso de M. ethiopica, presente en Chile, muy adaptada a condiciones de clima mediterráneo. Meloidogyne enterolobii no es controlada por los genes de resistencia Mi en tomate ni N en pimiento, aunque su área de distribución en Europa se restringe actualmente a Suiza. Otra especie de riesgo es M. luci, detectada en Italia, Grecia, Eslovenia, Portugal y Turquía, y de la que se han descrito poblaciones virulentas al gen Mi.
Los nematodos se distribuyen en el suelo en agregados o focos. Su principal mecanismo de dispersión es pasivo mediante el movimiento de tierra, herramientas o material vegetal infectado. La distribución en focos posibilita aplicar medidas de control localizadas dirigidas únicamente al foco de infestación. La inducción de agallas en las raíces por Meloidogyne (Foto 1) permite identificar las plantas infectadas y utilizar ésta información para construir mapas de distribución, monitorear la evolución de la enfermedad tras un tratamiento y evaluar la eficacia del mismo.