El conocimiento de las interacciones que se producen entre el microbioma presente en el suelo, en la rizosfera y la colonización de las raíces de las vides puede resultar clave para determinar los procesos de infección por hongos asociados a las enfermedades de la madera de la vid (EMV), principalmente la enfermedad del pie negro. Por ello, en este estudio se evaluó, en primer lugar, los cambios en la dinámica de las comunidades fúngicas del suelo, la rizosfera y la endorizosfera en cinco viñedos jóvenes de La Rioja mediante secuenciación masiva de amplicones de la región ITS2 con el sistema MiSeq de Illumina. Además, se cuantificaron los hongos asociados al pie negro mediante la puesta a punto un protocolo innovador de cuantificación absoluta basado en la tecnología de la droplet digital PCR (ddPCR), comparando su eficiencia y sensibilidad con el sistema de cuantificación relativa de PCR a tiempo real (qPCR).

Las comunidades fúngicas del suelo, su diversidad y composición se vieron afectadas en gran medida por la fracción suelo-planta, mientras que la variación de las mismas entre viñedos fue baja. Las raíces de vides asintomáticas mostraron ser un nicho microbiano habitado por hongos asociados a las EMV, lo que abre nuevas perspectivas en el estudio del papel endofítico de estos patógenos en la vid. Los resultados de la cuantificación de hongos asociados al pie negro mediante ambas técnicas mostraron una correlación significativa, si bien la ddPCR fue la técnica más sensible y precisa en la detección de bajas concentraciones. Ambas técnicas mostraron que la abundancia de hongos asociados al pie negro no se vio afectada por los distintos compartimentos suelo-planta.

 Las interacciones que se producen en la rizosfera, entre la vid y los patógenos fúngicos habitantes del suelo son hasta la fecha desconocidas. La rizosfera es el lugar de infección donde los patógenos del suelo establecen una relación parasitaria con la planta. Para infectar el tejido de la raíz, éstos tienen que competir con otros microorganismos por los nutrientes y/o espacio disponible. Una de las patologías de la vid, la enfermedad del pie negro, que contribuye al síndrome del decaimiento en viñedos jóvenes (Gramaje y Armengol, 2011), está asociada a especies fúngicas habitantes comunes del suelo.

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