A lo largo de la historia de la medicina, se discutió apasionadamente si la causa de una enfermedad era determinada por un único factor o si por el contrario estaba provocada por un conjunto de factores sincronizados. En el siglo XIX estos dos puntos de vista eran defendidos respectivamente por Louis Pasteur y Claude Bernard. Bernard hacía énfasis en los factores ambientales, externos e internos. Pensaba que la enfermedad se producía como consecuencia de una pérdida de equilibrio interno (homeostasis) provocado por la sincronización de un gran número de factores. Sin embargo, Pasteur centró sus investigaciones en dilucidar el papel que jugaban las bacterias en la aparición y desarrollo de una enfermedad y estableció una relación entre las enfermedades y los microbios.
La postura de Pasteur predominó en la discusión y, como resultado, la teoría de los gérmenes -según la cual cada enfermedad era causada por un microbio específico- fue internacionalmente aceptada por los profesionales de la medicina. Posteriormente, Robert Koch enumeró una serie de postulados que debían de cumplirse para probar si un microbio determinado causaba una enfermedad específica.
Sin embargo, y a pesar de estos grandes avances, durante el siglo XX la comunidad científica internacional reconocía que la causa de las enfermedades es múltiple y que estas se producen como una consecuencia de interacciones sincronizadas entre el medio ambiente, el patógeno y el hospedador.
Al ser la fitopatología la ciencia que estudia las enfermedades de las plantas, sus agentes causales, su interacción con los hospederos, así como su sintomatología y medios de control, es lógico asumir el importante papel que desempeña dentro de esta ciencia el trabajo de diagnosis.
El diagnóstico es sin duda alguna el fundamento técnico y científico para adoptar medidas de manejo y de control, y los avances que se han desarrollado en esta materia en los últimos años han sido tan espectaculares que han servido para aclarar el origen de muchas enfermedades.
Gracias a estos trabajos, se han podido diferenciar más de 1.300 especies de hongos que causan enfermedades en los cultivos, más de 4.000 especies de nematodos fitoparásitos, casi mil especies de virus y viroides, y alrededor de cien especies de bacterias fitopatógenas que han podido ser identificados por medio de los distintos procedimientos, desde la microscopia y las técnicas inmuno-enzimáticas y bioquímicas hasta las moleculares y de microscopía electrónica.