Generalmente, las bacterias suelen provocar en los vegetales menos enfermedades que los hongos, pero cuando aparecen, sus efectos suelen ser catastróficos. Ejemplo reciente de ello es el Fuego bacteriano de los frutales de pepita, una enfermedad producida por Erwinia amylovora.
Una de las bacteriosis que preocupan actualmente a los agricultores es el "Síndrome de desecamiento rápido del olivo" (OQDS), cuyo incitante es Xylella fastidiosa, una bacteria capaz de provocar enfermedades, además de en el olivo, en la vid, cítricos, diversos frutales de hueso, café y ornamentales.